蒙医以灸疗为主，且擅用火针。火针是用火烧红的针尖疾速刺入穴内，以治疗疾病的一种办法。本法具有温经散寒，通经活络作用，因而在临床可用于对虚寒痈肿等症的治疗。蒙药以植物药为主。古人将蒙药药性总结为重、油、寒、钝、轻、糙、热、锐等八种。蒙药的近代分类办法有三种，即按药用部位，科属或药物功效来分。随着藏族的《四部医典》传入蒙古地域，藏药对蒙药的开展起了一定的促进作用，同时局部藏药亦被蒙医收用。